幕末になると黒船来航を初めとする外交問題が発生し、朝廷と江戸幕府は全国の有力社寺に攘夷の祈願をおこない、また、民間では国学の隆盛から国難打開のために神祇官再興論が浮上していた。特にペリーの来航について幕府は直に朝廷に奏聞し、以後、幕府は外交問題について朝廷の判断を仰ぐようになったことから朝廷の権威にふたたび日が差すようになり、尊王攘夷思想・討幕運動と相まって王政復古の実現へと繋がった。
かくなる上で、幕府の大政奉還の後、明治維新は慶応三年十二月九日の王政復古の大号令によってその幕を開いた。平田篤胤の思想に共鳴した平田派の神道家たち、また津和野藩出身の国学者たちは明治維新の精神を神武創業の精神に基くものとし、近代日本を王政復古による祭政一致の国家とすることを提唱していたが、王政復古の大号令には王政復古と神武創業の語が見え、従来理想として唱えられていた王政復古と「諸事神武創業ノ始ニ原」くことが、実際の国家創生に際して現実性を帯び、「万機御一新」のスローガンとして公的な意義を持つようになったのであった。
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明治政府は新政府樹立の基本精神である祭政一致の実現と、開国以来の治安問題(浦上村事件など)に発展していたキリスト教流入の防御のため、律令制の崩壊以降衰えていた神祇官を復興させ、中世以来混沌とした様相を見せていた神道の組織整備をおこなった。
「国家神道」の語彙は第二次世界大戦前より存在し、議会や神道学、内務省、陸軍省などでは「国家神道」およびその同義語を用いている例がみられる。
1911年（明治44年）2月、小田貫一衆議院議員「国家神道ト云フモノハ明カニ分ツテ居タ」「神社局ニ於テハ国家神道ナルモノヲ扱ヒ、宗教局ニ於テハ耶蘇、仏法及神道ノ各派ニ属スルトコロノ、即チ宗教神道ヲ支配スル」（帝国議会における発言）。